Az egyik kongresszusi képviselő szerint a Waldorf-Astoriában is olcsóbb lett volna bezárva tartani a fegyenceket, mint itt. Minden sokba került. Mivel sziget, mindent hajóval kellett odaszállítani, még a vizet is. A fenntartás drágasága volt a legfőbb ok, amiért 1963. március 21-én bezárták az Alcatrazt, avagy a „Sziklát”.
Persze volt más is, például a hatvanas évek elejére az épületek már nagyon gyatra állapotba kerültek, túl sokat kellett volna rájuk költeni. A szennyvízelvezetés kezdetektől nem volt megoldva, a kezeletlen szennyvízet egyszerűen a San Francisco-öbölbe engedték. Saját szennyvíztelepet már pláne nem akartak építeni csillagászati áron. Mivel az Egyesült Államok legnyugatibb szélén van, mindentől messze, a büntetésvégrehajtásnak túl sokba került hurcolászni a rabokat.
A nyugati part első világítótornya létesült itt 1854-ben. Aztán erőd is épült a szigeten, ahol csata sosem volt, viszont az erődben elkezdtek hadifoglyokat tartani, így lett belőle börtön. 1912-re új épületet emeltek, már kizárólag börtön céljából és 1934-ben katonaiból szövetségi börtönné alakult.
A börtönök börtönének számított: közvetlenül a bíróságról senki nem kerülhetett ide, csak már másik börtönből, ha ott rosszul viselkedett. Azt gondolnánk, hogy sok híres „nagykutya” lakója volt a szigetnek, de nem mondhatni, hogy hemzsegtek itt a hírességek. Abban az időben, a gengszterek virágkorában, nem igazán jutottak el a börtönig, sokan már jóval előbb lelövöldözték egymást. Esetleg a rendőrök lőtték le őket. Persze Al Capone eltöltött itt egy kis időt, mint ahogyan a híres „Birdman” is. Kivégzésre sosem került sor Alcatrazban, azokat a San Quentinben végezték, ott volt gázkamra.
Női rabokat sem zártak soha a Sziklára: nem voltak női őrök sem, és még az adminisztrációs területen sem dolgoztak nők.
Az 1940-es évekig a raboknak tilos volt beszélgetniük egymással a cellában, az ebédlőben vagy munka közben. Akkor tudtak beszélgetni, amikor munka közben cigiszünetet tartottak vagy az udvaron tartózkodtak. Azért volt tilos a beszéd, mert az megkönnyítette volna, hogy egymás között megbeszéljék egy esetleges szökés terveit.
Bagózni viszont nem volt tilos, annyit füstölhettek, amennyit akartak. Amikor az Alcatraz fénykorát élte, a legtöbben dohányoztak Amerikában, így nehéz lett volna megtiltani a cigarettát. Nem is akarták. Az ellátás is kiemelkedően jó volt, úgy tartották, ha a rabok nem éheznek és finom ételeket kapnak, elégedettebbek lesznek és nem lázonganak. Mindig volt friss kenyér és vaj, a menüben rendszeresen szerepelt sütemény és fagylalt is.
Működése alatt 36 szökési kísérletet jegyeztek fel, ebből 23 rabot elfogtak, hatot lelőttek, ketten vízbe fulladtak. Öten eltűntek és szinte biztos, hogy megfulladtak ők is. A San Franciscó-i öböl nagyon hideg vize és az állandó örvények miatt nagyon nehéz kijutni a partra, de ketten mégis sikeresen átúszták az öblöt, viszont a parton már elfogták őket. A cápákról szóló történetek csak ijesztgetések: élnek ugyan cápák a környéken, de éppen olyan fajták, amelyeknek az étrendjében még csak véletlenül sem szerepel ember, úgyhogy a cápáktól akármennyi rab megszökhetett volna.
1946-ban történt a legnagyobb szökési kísérlet, az „alcatrazi csata”: hat fegyenc összefogott és bejutott abba a helyiségbe, ahol a kulcsokat és fegyvereket tartották. Az egyik őr még előzőleg hibát vétett és magánál, a zsebében tartotta az egyik kulcsot, amivel kijuthattak volna. Mire rátaláltak a rabok, már késő volt és tulajdonképpen így hiúsult meg a szökési kísérlet. A helyszínre érkező tengerészgyalogosok és őrök két nap alatt visszaszorították az elítélteket.
Közel 300 fő volt a sziget civil lakossága, az őrök és családjaik bérelhettek lakásokat a szigeten. A gyerekek hajóval jártak iskolába, a felnőtteknek is volt járat, amivel közlekedhettek a városba.
Az Alcatraz bezárása után volt még egy kis csatározás a szigeten: 1969-ben elfoglalták a sziú indiánok és két évig tanyáztak ott. A hatóságok nem bántották őket, de a drogok és a beköltöző hippik életmódja miatt 1971-ben kénytelenek voltak kilakoltatni őket.
1973-tól a főépület múzeum, a sziget pedig a Golden Gate Nemzeti Park része, az energiaellátást részben napelemek biztosítják és nagy figyelmet szentelnek a természetvédelemnek.
Sok érdekes madárfaj él és költ a szigeten, de ők akármikor el is repülhetnek. Van viszont néhány állat, amelyik életfogytiglanra van ítélve: az őzegér például már bennszülött fajjá vált, a színük is megváltozott a parton élő rokonaikhoz képest. A banáncsiga is hasonló sorsra jutott, amelyikük ott születik, az már ott is marad.
A hely neve is a madaraktól származik. Juan Manuel de Ayala spanyol utazó, aki 1775-ben feltérképezte az öblöt, a „pelikánok szigetének” nevezte azt el és a pelikán spanyol megfelelőjéből (alcatraz) lett a neve Alcatraz, angolul is.