1865-ben is éppen nagypéntek volt április 14-én. Az elnöknek már napok óta különös hangulata volt: öt nappal korábban ért véget az amerikai polgárháború, így a győzelem megnyugvással és reménnyel tölthette el; másrészt fura álmok gyötörték, mintha a saját meggyilkolásáról álmodott volna. A testőre azt tanácsolta neki, hogy ne menjen el a pénteki színházi előadásra; neki sem sok kedve volt, de megígérte feleségének a programot, így nem volt mit tenni.
John Wilkes Booth terve először az volt, hogy elrabolja az elnököt, de Lincoln utolsó, április 11-én elmondott beszédével annyira felbőszítette, hogy megváltoztatta tervét. Lincoln szavazati jogot ígért a feketéknek, és ezt Booth, aki a déliek oldalán állt a polgárháború alatt, nem hagyhatta annyiban. Nem volt egyedül: tettestársai feladata lett volna az alelnök és a hadügyminiszter lelövése is, de abból nem lett semmi.
Sajnálatos módon egy másik testőr vigyázott az elnökre azon az estén, aki vagy a whiskey-t szerette jobban elnökénél vagy maga is be volt szervezve, nem tudni. Többségében iszákosságára fogják a tényt, hogy nem tartózkodott az elnöki páholy előtt a döntő percben, amikor Booth be tudott osonni, az elnökhöz lépett fegyverével és meghúzta a ravaszt.
A páholyban velük tartózkodó Rathbone őrnagy ugrott fel és támadt rá a gyilkosra, de az megvágta karján, majd a színpad felé ugrott. Ugrás közben lábát törte, de még úgy is sikerült kiszöknie a színházból.
Óriási hajtóvadászat indult a gyilkos után, aki dél felé, Virginiába menekült. Egy farmon sikerült utolérni, ahol a dohányszárítóban rejtőzködött. Halálának körülményeiről több változat is kering, hogy hogyan és ki lőtte le: vagy öngyilkos lett, vagy rágyújtották a dohányszárítót. Az biztos, hogy a nyakán érte egy lövés, abba halt bele április 26-án.
Ez volt az első elnökgyilkosság, azelőtt nem volt divat lelövöldözni az elnököket Amerikában. Mindössze egy merénylő próbálkozott korábban Adrew Jacksont megölni, de kudarcot vallott, és a tábornok-elnök maga fegyverezte le a támadót.
Lincoln temetési vonata a harrisburgi állomáson
Lincoln külön temetési vonatot kapott. Holttestét bebalzsamozták és útra keltek vele hét államon és 180 városon át, hogy az emberek elbúcsúzhassanak tőle. Minden városban a legfontosabb középületben helyezték el a koporsót, Philadelphiában az Independence Hall épületének azon pontján, ahol a függetlenségi nyilatkozat aláírásra került.
Lincoln népszerű elnök volt, nagyon józan, gyakorlatias ember, a korrupciót messziről kerülte. Népszerűségének okát abban látták, hogy politikailag nem az ideális, hanem az optimális megoldásokat kereste.
A polgárháború alatt levágott szarvasmarhákból, amelyek a hadsereg ellátását szolgálták, a legszebb részeket a Fehér Házba küldték. Lincoln nem szerette a kivételezést és beszüntette ezt a gyakorlatot. Mikor megjegyezték neki, hogy ez egy jelentéktelen ügy, így válaszolt:
„Megfigyelésem szerint igen gyakran a legjelentéktelenebb ügyekből lesznek a legnagyobb botrányok”.
