1535. március 10-én egy panamai püspök, Fray Tomás de Berlanga hajójával zátonyra futott a Csendes-óceán egyik szigetén. Panamából utazott Peruba, katolikus missziókkal és jószolgálattal foglalkozott az egyház megbízásából. Az áramlat jócskán nyugatra sodorta a hajót, ahol aztán kénytelen volt kikötni egy szigeten, amelyet Elvarázsolt-szigetnek nevezett el.
A térképeken 1570 körül tűnt fel a szigetcsoport és az ott élő különleges óriásteknősök (galápago) miatt Teknősök-szigetének (Galápagos) nevezték el.
A felfedezés miatt a spanyoloké lett volna a szigetcsoport, de nem kellett nekik, mert sem arany, sem más „hasznos” dolog nem volt a szigeten – csak egy halom állat. Ráadásul mindentől távol estek a szigetek. Néhány kalóz használta rejtekhelyül, majd a XVIII. század végén James Colnett felfedező és prémkereskedő javasolta, hogy bálnavadászat szempontjából jó támaszpontot lehetne ott kialakítani. Sajnos a vadászok és kereskedők teljesen lepusztították az élővilágot, a szegény teknősöket pedig élő konzervként használták a hosszú hajóutak alatt. Az igénytelen állatok hosszú ideig megvoltak élelem nélkül a hajókon, ahol aztán a tengerészek szép sorban felfalták őket.
1832-ben José Maria Villamil ecuadori tábornok jogot formált a szigetcsoportra és elkezdték betelepíteni azt. 1835-ben érkezett meg Charles Darwin természettudós, aki világkörüli úton volt; több hetet töltött a szigeteken, tanulmányozva az élővilágot. Felfedezései – főként a pintyekkkel kapcsolatban – alapvetőek voltak A fajok eredete című könyvéhez, mellyel az evolúciós elméletet alapozta meg.
A Galápagos élővilága azért különleges, mert kiemelkedően sok a bennszülött fajok, úgynevezett endemikus élőlények száma. Ezek olyan fajok, amelyek a világnak csak egy bizonyos helyén élnek, sehol máshol. Leghíresebbek természetesen az óriásteknősök és Darwin pintyei, ezekből minden egyes szigeten egy picit más változat él, de a galápagosi medvefóka is érdekes, mert ez a legkisebb méretű fóka, a tengeri leguán az egyetlen vízben élő gyík, a rózsaszín leguánt csak az 1980-as években fedezték fel, a galápagosi pingvinnek pedig elvileg semmi keresnivalója nem lenne az Egyenlítőnél. De ha már ott vannak, még egy rekordot fel tudnak mutatni, ugyanis ha átsétálnak vagy átúsznak a szigetek északi részére, akkor olyan különleges pingvinekké válnak, amelyek az északi félgömbön laknak.
A szigeteket 1959-ban nemzeti parkká nyilvánították, 1978 óta az Unesco világörökségi listáján is szerepelnek. Mivel az egész szigetcsoport nemzeti park, így a beutazáskor belépődíjat kell fizetni (jelenleg 100 dollárt), a természeti értékek megóvása érdekében pedig korlátozzák a beutazók számát évente maximum hetvenezer főben.
A puhatestűek kutatásával foglalkozó Vágvölgyi József 1971-ben érkezett a Galápagosra, ahol Lonesome (Magányos) George-dzsal kötött ismeretsége világhírűvé tette mindkettőjüket. Lonesome George egy óriásteknős volt, feltehetőleg az utolsó pinta-szigeteki példány. Talán éppen a fent említett tengerészek felejtették ott és így úszta meg, hogy eleség legyen belőle. George a találkozó után többé már nem volt magányos: áttelepítették egy másik szigetre és azontúl nagy becsben tartották, kényeztették minden földi jóval, még hölgytársaságot is biztosítottak számára, kedvére válogathatott volna a vonzó teknőslányokból. Ő viszont megrögzött agglegénynek bizonyult, és sajnos családalapítás meg utódok nélkül élte le feltehetőleg 102 évig tartó életét. 2012-ben távozott az „örök teknősmezőkre”, és vele együtt kihalt maga az általa képviselt alfaj is: földi maradványait bebalzsamozták és a Santa Cruz-szigeten található Charles Darwin Kutatóállomáson állították ki.